Protokoli Alpske konvencije vsebujejo posebne ukrepe za udejanjanje načel, oblikovanih v okvirni konvenciji, in opredeljujejo konkretne ukrepe za varstvo in trajnostni razvoj Alp.
Do sedaj sprejeti protokoli pokrivajo različna področja:
Poleg tega sta bila sprejeta še dva dodatna protokola, in sicer Protokol h Konvenciji o varstvu Alp o reševanju sporov in Protokol o pristopu Kneževine Monako h Konvenciji o varstvu Alp.
Poleg omenjenih protokolov je Alpska konferenca sprejela naslednje ministrske deklaracije, ki obravnavajo posebne tematike: