I Protocolli contengono misure specifiche di attuazione dei principi previsti dalla Convenzione quadro e le iniziative concrete da intraprendersi per la protezione e lo sviluppo sostenibile delle Alpi.
I Protocolli esistenti riguardano varie tematiche:
Sono stati inoltre approvati due protocolli supplementari, rispettivamente il Protocollo sulla Composizione delle controversie e il Protocollo di adesione del Principato di Monaco alla Convenzione delle Alpi.
Oltre ai Protocolli, la Conferenza delle Alpi ha adottato le seguenti Dichiarazionidei Ministri relative a temi specifici: