Il lavoro della Convenzione delle Alpi è diviso tra diversi organi. Ciascuno di essi è responsabile di un aspetto specifico della Convenzione e, tutti insieme, contribuiscono alla sua attuazione.
L'organo supremo della Convenzione delle Alpi è la Conferenza delle Parti contraenti, chiamata anche Conferenza delle Alpi. I Ministri responsabili delle Parti contraenti ed i loro delegati si riuniscono di norma ogni due anni. Le loro riunioni sono presiedute dalla Parte contraente che esercita la Presidenza della Convenzione. In qualità di organo politico e decisionale, la Conferenza delle Alpi discute gli obiettivi della Convenzione delle Alpi e ne determina le misure politiche per l'attuazione.
Il Comitato permanente della Conferenza delle Alpi è l’organo esecutivo che si riunisce di norma due volte all'anno. Il Comitato permanente è composto da alti delegati delle Parti contraenti. Rappresentanti di altre istituzioni e ONG partecipano alle riunioni del Comitato permanente in qualità di Osservatori.
Il Gruppo di Verifica è un organo incaricato di controllare l’adempimento degli impegni assunti dalle Parti contraenti nell’ambito della Convenzione delle Alpi e dei suoi Protocolli. È composto da esperti giuridici delle Parti contraenti e da rappresentanti delle organizzazioni osservatrici e si riunisce di norma due volte all'anno.
Nel 2002 la Conferenza delle Alpi ha istituito il Segretariato Permanente della Convenzione delle Alpi. In qualità di braccio operativo della Convenzione, i suoi compiti principali consistono nel fornire supporto amministrativo e tecnico per l'attuazione dellaConvenzione e dei suoi Protocolli, nel gestirne le pubbliche relazioni, nel sostenere la ricerca e l'informazione scientifica sulle Alpi tramite il Sistema di Osservazione e Informazione sulle Alpi (SOIA). Il Segretariato Permanente ha sede a Innsbruck e una sede distaccata a Bolzano, ed è coordinato da un/una Segretario/a Generale.
I Gruppi di lavoro tematici (gruppi di lavoro e comitati consultivi) sono presieduti da una presidenza (la presidenza può essere condivisa anche tra due della Parti contraenti) e si compongono da esperti nominati dalle Parti contraenti. I Gruppi di lavoro operano di norma nell'ambito di mandati biennali e possono contare sulla partecipazione attiva delle organizzazioni con status di osservatori.