Protokoli Alpske konvencije vsebujejo posebne ukrepe za udejanjanje načel, oblikovanih v okvirni konvenciji, in opredeljujejo konkretne ukrepe za varstvo in trajnostni razvoj Alp.
Protokoli, ki so bili izdelani doslej, zajemajo različna področja:
- urejanje prostora in trajnostni razvoj (pdf)
- varstvo narave in urejanje krajine (pdf)
- hribovsko kmetijstvo (pdf)
- gorski gozd (pdf)
- turizem (pdf)
- energija (pdf)
- varstvo tal (pdf)
- promet (pdf)
- Poleg tega sta bila sprejeta še dva dodatna protokola, in sicer Protokol h Konvenciji o varstvu Alp o reševanju sporov (pdf) in Protokol o pristopu Kneževine Monako h Konvenciji o varstvu Alp (pdf).
Poleg omenjenih protokolov sta bili novembra 2006 sprejeti tudi dve ministrski deklaraciji, ki obravnavata posebno tematiko:
- Deklaracija o prebivalstvu in kulturi (pdf)
- Deklaracija o podnebnih spremembah (pdf)